A geração de lodo é um dos principais desafios dos sistemas de tratamento de água.

O tratamento e a destinação do lodo são essenciais para evitar impactos ambientais em qualquer estação de tratamento, o que muitas vezes é negligenciado. Sistemas mais antigos, muitas vezes, retornam diretamente todos os efluentes de limpeza de decantadores e filtros ao manancial, sem nenhum tipo de tratamento. Esses efluentes contêm grandes quantidades de sólidos e material orgânico, além de quantidades importantes de metais, como ferro e alumínio, muito utilizados em coagulantes, essenciais ao tratamento. Alguns sistemas de tratamento mais novos, por exemplo, possuem sistemas de recuperação de água de lavagem de filtros que reduz a carga de contaminantes que potencialmente pode ser descartada, aumentando a recuperação global de água.

Sistemas de ultrafiltração possuem taxas de recuperação de água similares a sistemas convencionais, tipicamente na faixa de 94 a 98%, dependendo do tipo de água bruta. A grande diferença está na geração de lodo seco, ou seja, a concentração de sólidos nos efluentes gerados. Como a ultrafiltração não utiliza ou necessita de baixas dosagens de coagulantes (em casos mais críticos até 10 ppm de coagulante), a geração de sólidos secos é menor, já que os sólidos basicamente são da própria água bruta, com baixo teor de coagulantes. Isto leva a uma geração menor de lodo no sistema.

O cálculo da geração de sólidos em unidades que usam coagulantes pode ser realizado com fórmulas típicas como abaixo (usando sulfato de alumínio ou cloreto férrico):

Por outro lado, os efluentes da ultrafiltração são menos concentrados, devido à limpeza mais frequente, o que favorece a recuperação parcial dos efluentes (principalmente das retrolavagens) e leva a necessidade de um sistema de adensamento mais robusto. Na parte da desidratação mecânica, os sistemas são similares aos tipicamente encontrados em plantas convencionais, como filtros prensa, centrífugas e decanters.

O custo de tratamento e disposição de lodo também devem ser incluídos nas análises econômicas ao avaliar a tecnologia de ultrafiltração para produção de água potável e pode gerar redução de custos significativas ao processo.